В начале 16 в., на пике популярности алхимического мистицизма, среди европейских ученых раздались первые голоса недовольства алхимией как таковой.
Суеверия и меркантильность алхимиков раздражали ученых нового поколения, воспитанных на идеях гуманизма и просвещения. Вот как выразил эту мысль в книге «Подземная физика» голландский ученый Ян иоахим Бехер: «Ложные алхимики ищут только способ делать золото, а истинные философы жаждут науки. Первые делают краски, поддельные камни, а вторые приобретают знание вещей».
Это новое понимание задач алхимии одним из первых воспринял итальянский мастер Ваноччо Бирингуччо (1480-1539). В своей книге «Пиротехния» он собрал знания из области металлургии, горного дела и производства керамики, и на своем уровне проанализировал их с химических позиций. В противоположность Фламелю, Валентину и Парацельсу, Бирингуччо стремился к ясному и доступному описанию опытных данных и технологических процессов. Он один из первых понял полезность независимой автоэкспертизы.
Великий современник и единомышленник Бирингуччо, Георг Бауэр (1494-1555), более известный под прозвищем агрикола, стал основателем науки, известной ныне как минералогия. В своих книгах «О царстве металлов», «О природе ископаемых» и «О подземной жизни» он заложил представления о простых и сложных веществах, морфологии минеральных конкреций, разнообразии живых организмов почвы. Агрикола был прекрасным знатоком рудного дела, и происходящие в ходе выплавки металлов процессы описывал без всякой таинственности, в предельно ясных терминах.